Sultan 2. Bayezid’in Kapı Ağası Hüseyin Ağatarafından 1488 yılında yaptırılmıştır. Planı klasikOsmanlı medrese formundan farklılık gösterir. ÖzellikleSelçuklu mezar anıtlarında görülen sekizgen planşeması ilk kez bu medresede uygulanmıştır.
Medresenin ortasında bulunan sekizgenavlunun etrafı her kenarda bulunan dörder sütun vebu sütunlar üzerine oturan sivri kemerli revaklarlaçevrelenmiştir. Bursa kemeri olarak adlandırılantarzda yapılmış bu kemer yapısı iç mimariyi dahada güzelleştirmiştir.
Medrese, Amasya’da en yüksek derecede eğitim-öğretimin yapıldığı yer olmuştur. Altmışlı Medreselergrubundan olan bu medresede, en bilineniTaşköprülüzade Mustafa Müslihiddin Efendi olmaküzere birçok ilim adamı müderrislik yapmıştır. 19. yy.sonlarında eski canlılığını yitiren medrese, yaşanandepremler ardından 1970’lere kadar harap durumdakalmış, 1978 yılında restore edilerek bugünkü halinekavuşmuştur.
