Çelebi Sultan Mehmet tarafından 1414 yılındaEbubekir Mehmet Bin Hamza’ya yaptırılmıştır. Selçuklumedreseleri planındadır. Kare planlı, dört eyvanlı,açık avlulu medreseye doğusundaki anıtsal kapıdangirilir. Üzerinde tek satır ve üç bölümden oluşankitabenin bulunduğu giriş renkli kesme taş ve mermer kullanılarak süslenmiştir. Kırmızı ve beyaz renktekesme taş dizileriyle bezenmiş eyvan biçimli taç kapı,yapının en göz alıcı yerlerinden biridir. Eyvanın her ikiyanında sivri kemerli geniş bölmeler bulunur. Tavan,sekiz köşeli yıldızlarla bezenmiştir. Oyma tekniği ileyapılan ve türünün en güzel örneklerinden biri olanahşap kapının orijinali halen Ankara Etnografyamüzesinde sergilenmektedir.
Medrese girişinin üzerinde tuğladan yapılmış silindirikgövdeli bir saat kulesi bulunur. Bu kule medreseye1866 yılında Amasya Valisi Ziya Paşa tarafındanilave ettirilmiştir. Minareye benzeyen kulenin silindirikkısmında üç çember görülür. Bunların üzerindeşerefeye benzer bir gezmelik vardır. Kulenin bundansonraki kısmı köşelidir. Gezmeliğin hemen üzerindeysedört yöne bakan saat kadranları bulunur. Kadranlarınüzerindeki ikinci katta saatin çanı yer alır. Çanın sesinindaha rahat duyulabilmesi için bu kısmın dört yanınayuvarlak kemerli küçük pencereler açılmıştır. Kuleninüstü kubbeyle örtülüdür.
